結論

Unityでビルドする際、BuildSettingsのCompression MethodをDefault以外に変更する。

結論に至るまで

パッチ作成のためにudm差分ファイル作成ツールを使用したが、Resourcesファイルの差分作成の際にエラーで落ちるようになってしまった。Resourcesの差分をなくしたら差分作成が通ったが、それでは困る為いろいろと試した。その際、Compression MethodをLZ4にすることで差分を作成できるようになった。
LZ4はアセットの圧縮率を上げることができる設定なので、Resourcesの中身のサイズが減ったことで通ったのかもしれない。ただ、圧縮率を上げるとアプリのロード時間が長くなることがある為、注意が必要。